Şəhəri tərk etmək imkanları olmayan üsyançılar, habelə dinc əhali mühasirəyə alınaraq kütləvi şəkildə güllələnib. Üsyan yatırıldıqdan sonra general-mayor Məhəmməd Mirzə Qacar, Qaçaq Qəmbər, hüquqşünas İsmayıl xan Ziyadxanov, ədəbiyyatçı Firidun bəy Köçərli, mühəndis Abuzər bəy Rzayev və müəllim Mirzə Abbas Abbaszadə kimi şəxsiyyətlərlə yanaşı, Azərbaycan ordusunun 12 generalı, 27 polkovnik və podpolkovniki, 46 kapitan, ştabskapitan, poruçik və podporuçiki, 146 praporşik və podpraporşiki, 267 digər hərbi qulluqçusu bolşeviklər tərəfindən güllələnib.
Azərbaycan Cümhuriyyətinin banilərindən olan Məhəmməd Əmin Rəsulzadə Gəncə üsyanından belə bəhs edirdi:
“Bu üsyan ibtida Gəncədə başladı. Çarizmin qəddar generalı Knyaz Sisyanova parça-parça doğranıncaya qədər müqavimət göstərən Cavad xanın şəhəri bu dəfə də kəndisini göstərdi. Millətin təhəmmül edəmədiyi təcavüzlərə qarşı üsyankar ruhilə köpürdü. Burada daha silahlarını təslim etməmiş bulunan Azərbaycan əsgərləri üsyanın kökünü təşkil etdilər”.
Gəncə üsyanı ölkə boyu zəncirvari şəkildə ayaqlanmalara səbəb olub. Sonradan Tərtər, Lənkəran, Qarabağ, Zaqatala, Quba və digər bölgələrdə müxtəlif üsyanlar baş tutsa da, 1924-cü ildə qədər heç bir üsyan Gəncə üsyanı qədər böyük olmayıb. (report)